يعتمد البرنامج على آلية تنسيق تضمن تسيير فعال وشامل :
اللجنة التوجيهية
تشرف على تخطيط وتنفيذ البرنامج.
تضمن تنسيق الأنشطة بين الجهات المعنية.
تراقب توافق الأنشطة مع الاستراتيجيات الوطنية والدولية.
تنفيذ المشاريع التربوية
تضم الفاعلين الوطنيين والشركاء الفنيين والماليين.
تعزز الحوار الاستراتيجي ومواءمة الجهود مع الأولويات الوطنية.
لجان تنسيق البرامج الفرعية
تشرف على الأنشطة على المستوى القطاعي أو الإداري.
تتيح متابعة عملياتية للإجراءات المخططة لكل قطاع فرعي.